9 марта 1547 года, через 119 лет после кончины преподобного Никона Радонежского, Церковный Собор установил повсеместное почитание памяти этого ученика и ближайшего соратника преподобного Сергия, близкого ему и в земной и в загробной жизни. В следующем году над могилой преподобного Никона была построена небольшая каменная церковь. Через 75 лет ее заменил ныне существующий храм, пристроенный к южной стене Троицкого собора.